Codex I (también conocido como El códice de la Fundación Carl Gustav Jung):
La Oración de Pablo
El Libro Secreto de Santiago
El Evangelio de la Verdad
El Tratado de la Resurrección
El Tratado Tripartito
Codex II:
El Libro Secreto de Juan
El Evangelio de Tomás un evangelio de dichos
El Evangelio de Felipe, evangelio de dichos
La Hipóstasis de los Arcontes
Sobre el origen del mundo
La Exégesis del Alma
El Libro de Tomás el Contendiente
Codex III:
El Libro Secreto de Juan
El Evangelio Copto de los Egipcios
Epístola de Eugnostos
La Sofía de Jesucristo
El Diálogo del Salvador
Codex IV:
El Libro Secreto de Juan
El Evangelio Copto de los Egipcios
Codex V:
Epístola de Eugnostos
El Apocalipsis de Pablo
El Primer Apocalipsis de Santiago
El Segundo Apocalipsis de Santiago
El Apocalipsis de Adam
Codex VI:
Los hechos de Pedro y los doce Apóstoles
El Trueno, Mente Perfecta
Enseñanzas Autorizadas
El Concepto de nuestro Gran Poder
La República de Platón - El original no es gnóstico pero la versión de Nag Hammadi esta muy modificada con conceptos gnósticos de la época de los manuscritos.
El Discurso sobre la Ogdóada y la Eneada - un tratado hermético
La oración de Acción de Gracias (con una nota manuscrita) - una oración hermética
Asclepius 21-29 - otro tratado hermético
Codex VII:
El Paráfrasis de Sem
El Segundo Tratado del Gran Seth
El Apocalipsis Gnóstico de Pedro
Las Enseñanzas de Silvano
Las Tres Estelas de Seth
Codex VIII:
Zostrianos
La Carta de Pedro a Felipe
Codex IX:
Melquisédec
El Pensamiento de Norea
El Testimonio de la Verdad
Codex X:
Marsanes
Codex XI:
La Interpretación del Conocimiento
Una Exposición Valentina, Sobre el Ungimiento, Sobre el Bautismo (A y B) y Sobre la Eucaristía (A y B)
Alógenes
Hipsifrones
Codex XII
Las Sentencias de Sexto
El Evangelio de la Verdad
Fragmentos
Codex XIII:
Trimorfa Protennoia
Sobre el origen del mundo
Evangelios gnósticos
Evangelio de Felipe
Evangelio de Tomás
Evangelio de María Magdalena
Evangelio de Judas
Evangelio apócrifo de Juan
Evangelio de Valentín (pitis sophia)
Evangelio de los egipcios
Evangelios de natividad e infancia
Evangelios de la infancia de Tomás
Evangelio árabe de la infancia
Evangelio armenio de la infancia
Evangelio de la natividad de María
Protoevangelio de Santiago
Evangelio del pseudo-Mateo
Evangelios de Pasión y Resurrección
Evangelio de Bartolomé
Evangelio de Nicodemo, también llamado "Hechos de Pilatos" (Acta Pilati)
Evangelio según Judas Iscariote
Evangelio secreto de Marcos
Evangelio de Pedro
Evangelio del Pseudo-Santiago
Evangelio cátaro del pseudo-Juan
Evangelio de los hebreos
Evangelio de los ebionitas
Evangelio de Bernabé
Evangelio Taciano
Evangelio de los nazarenos
Evangelio de Ammonio
Evangelio de la Venganza del Salvador
Evangelio de la muerte de Pilato
Evangelio apócrifo de Galilea
